Le mystère enfoui de Pokémonpolis (titre japonais : げきとつ！ちょうこだいポケモン, ce qui donne en français : « Duel féroce ! Pokémon de jadis ») a été diffusé pour la première fois au Japon le 26 novembre 1998, aux États-Unis le 14 octobre 1999 et en France le ??.
Enfin ! Sacha a enfin décidé de commencer son entraînement, afin de participer à la Ligue Pokémon qui débutera dans quelques semaines. Pierre a décidé de l'aider en l'affrontant avec son Goupix. Le match contre Pikachu débute sous le regard d'Ondine et Togepi. Mais au cours du combat, Rondoudou apparaît et perturbe les deux Pokémon qui dévient leurs attaques et détruisent un pan de la montagne. Une fois la fumée dissipée, Rondoudou s'enfuit et les trois amis découvrent un genre de temple qui était dissimulé sous la roche. Pierre s'approche et ramasse un objet bizarre. Mais soudain, une jeune fille arrive, s'empare de l'objet et l'examine. Et tout un groupe de personnes la suit. Le Pokégroupe comprend vite qu'il s'agit d'une équipe d'archéologues, qui étudient les ruines. Mais la Team Rocket, qui observe la scène, semble, elle aussi, très intéressée par les vestiges.
Plus tard, la jeune fille, qui s'appelle Eve et est un grand docteur en archéologie Pokémon, explique aux trois amis qu'ils ont certainement découvert l'entrée d'une ancienne cité dont les habitants vénéraient les Pokémon. Intrigués, les trois Dresseurs décident de l'aider dans ses recherches. Dans la nuit, Jessie, James et Miaouss passent à l'action. Jessie envoie Arbok chercher un objet précieux dans les ruines. Ce dernier revient, mais en guise de trésor, il ramène un vieux bibelot noir ! Et soudain, il s'illumine et fait disparaître Arbok et les trois escrocs. Le lendemain, Eve et le Pokégroupe trouvent l'objet et des traces de pas géantes devant un genre d'autel. Un de ses assistants le ramasse et disparaît à son tour, tout comme le reste de l'équipe. Le Pokégroupe et la jeune fille courent se mettre à l'abri. C'est alors qu'un Ectoplasma géant apparaît. Ce dernier se dirige alors vers le Bourg Palette menaçant de le détruire. Sacha et Pierre décident de l'arrêter. Mais c'est peine perdue ! Onix et Roucoups sont vite absorbés dans le corps d'Ectoplasma où se trouvent déjà tous les disparus. Les trois héros retournent voir Eve, mais celle-ci est plongée dans une sorte de transe. Soudain, deux des objets antiques se rejoignent et font apparaître un Alakazam. Lui et Ectoplasma commencent à se battre et tout saccager. Rondoudou réapparaît alors et commence à chanter. Malheureusement, la fureur du combat le fait s'envoler vers d'autres cieux ! Mais cette brève intervention a pour effet de faire apparaître un Rondoudou géant qui endort tout le monde avec sa terrible chanson qui les fait faire un cauchemar. La nuit tombe.
Le lendemain, tous se réveillent et s'aperçoivent que les Pokémon géants ont disparu. Eve explique qu'elle va continuer ses investigations, afin de percer le mystère des ruines antiques. Ondine, Pierre et surtout Sacha peuvent à présent continuer l'entraînement. Enfin... Si ce dernier est motivé.
Jessie : « Afin de protéger le monde de la dévastation » James : « Afin de rallier tous les peuples à notre nation »
Jessie : « Afin d'écraser l'amour et la vérité »
James : « Afin d'étendre notre pouvoir jusqu'à la voie lactée »
Jessie : « Jessie ! »
James : « James ! » Miaouss : « Chut, on fait la razzia et après on s'en va ! »
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Alakazam (Japon) / 
Rondoudou (reste du monde)
