La tour aux spectres (titre japonais : やけたとう!マツバとうじょう!!, ce qui donne en français : « La tour brûlée ! Mortimer apparaît !! ») a été diffusé pour la première fois au Japon le 18 janvier 2001, aux États-Unis le 10 novembre 2001 et en France le ??.
Rosalia apparaît enfin aux yeux de Sacha, Ondine et Pierre. Plus impatient que jamais, Sacha se précipite à l'Arène locale. Les trois Dresseurs sont étonnés d'arriver dans une vieille tour délabrée et à moitié brûlée. Soudain, le feu reprend. Kaiminus et Stari sont appelés à l'aide, mais il s'avère que les flammes ne sont que des illusions. Noarfang et son attaque Clairvoyance font apparaître des Fantominus responsables des visions. Mais ces derniers sont hostiles et commencent à attaquer le Pokégroupe. Noarfang les chasse, mais ils reviennent sitôt avec des Spectrum. Un combat se prépare, mais l'arrivée d'un jeune homme le stoppe. Il fait disparaître les Pokémon spectre d'un geste de la main et se présente : son nom est Mortimer et il est le Champion local. Il leur explique que les Pokémon ne faisaient que protéger leur territoire. Tandis que le jeune homme raconte l'histoire de la ville et de la tour, Togepi disparaît par un trou dans le mur. Pikachu et l'Ectoplasma de Mortimer partent à sa recherche.
Plus tard, Pikachu retrouve Togepi, mais les membres de la Team Rocket les capturent tous les deux. Ils s'enfuient, mais Ectoplasma les arrête. Les trois héros et Mortimer arrivent au même moment. Ectoplasma libère les prisonniers. Et après avoir vaincu Smogogo et Arbok, il envoie les trois escrocs vers d'autres cieux. Impressionné par sa puissance, Sacha redoute son futur match contre Mortimer. Ce dernier donne rendez-vous au héros le lendemain à l'Arène pour ce fameux match. Sacha a donc une nuit de réflexion pour mettre au point une stratégie en vue de gagner contre les redoutables Pokémon spectre de Mortimer.
Jessie : « Nous sommes de retour et nous tenons vos amis » James : « Pour vous jouer un mauvais tour, vous allez être surpris »
Jessie : « Afin de préserver le monde de la dévastation »
James : « Afin de rallier tous les peuples à notre nation »
Jessie : « Afin d'écraser l'amour et la vérité »
James : « Afin d'étendre notre pouvoir jusqu'à la voie lactée »
Jessie : « Jessie ! »
James : « James ! »
Jessie : « La Team Rocket plus rapide que la lumière »
James : « Rendez-vous tous, ou ce sera la guerre, guerre, guerre » Miaouss : « Miaouss, oui, la gue-guerre ! »
Le titre anglais est directement tiré de l'expression a ghost of a chance (« L'ombre d'une chance »).
Apparition du Cherch'Objet renommé « Détecteur de Trésors ».
Le grand Fernando est basé sur la classe de Dresseurs Crache-Feu.
L'histoire de la Tour Cendrée et de la Tour Ferraille est différente de celle donnée dans les jeux vidéo. Dans le dessin animé, la Tour Cendrée servait de perchoir à Ho-Oh, tandis que la Tour Ferraille est une réplique construite après l'incendie, qui remonte à 300 ans.
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