Le Labo Ombre est une structure essentiellement souterraine qui s'étend sur plusieurs étages. Dans Colosseum, il est desservi par une ligne de métro par laquelle transitent les Pokémon Obscurs destinés aux Colosseums de Suerebe et de Pyrite. Le dernier sous-sol fait le lien entre le laboratoire de Teck et le métro, jusqu'à ce que les Guerriers Ombre l'ensevelissent sous les gravats pour prévenir l'incursion du protagoniste. Ce dernier obtient à ce moment la Clé Labo qui déverrouille la porte extérieure, en désactivant la barrière électrique.
Le repaire est défendu par une demi-douzaine de Guerriers Ombre et autant de laborantins, deux d'entre eux détenant chacun une clé donnant accès respectivement à l'aile est et aux étages inférieurs. Le cabinet de Teck est lui protégé par un code secret, basé sur le génome de trois Pokémon dont les installations recèlent l'ADN. Quant à l'alarme, qu'un Scientifique déclenche durant l'infiltration du joueur, elle a pour seul effet de plonger la base dans une lumière rouge permanente (contrairement à ce qui lui est dit, le protagoniste peut toujours sortir du repaire).
Une fois Teck vaincu, le joueur récupère un Disque-Rom contenant les données des Pokémon Obscurs créés au laboratoire. Après les événements de la Tour Titanite, il retourne au Labo Ombre afin d'y débusquer le détenteur du Pokémon de départ Obscur ayant le type faible contre son homologue de Phénacit.
Dans Pokémon XD, le Labo Ombre est réaffecté par Angéline après avoir été laissé à l'abandon pendant cinq ans. Bien que ce ne soit plus le principal site de production de Pokémon Obscurs, la jeune Admin y travaille activement au renforcement du protocole de son prédécesseur. L'emplacement du laboratoire est révélé au protagoniste par Seneq, l'un des chefs de secteur du Mont Bataille.
L'entrée du repaire est gardée par les Frères Hexagone, mais il suffit d'en battre un sur les six pour forcer le passage. Quelques combats de Sbires plus tard, le joueur retrouve le Professeur Syrus, que le Groupe Ombre a enlevé pour ses travaux sur les Pokémon Obscurs. L'opération de sauvetage se termine par le face-à-face avec Angéline, la récupération du Disque-Rom qu'un subalterne fait tomber et le retour au Laboratoire Pokémon de Rhode.
| Objet | Obtention |
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| Clé Labo | Au dernier sous-sol, du côté du Métro. |
 Élixir ×3 | Au dernier sous-sol, du côté du Métro. |
 Total Soin ×2 | À l'extérieur du laboratoire, sur le bas-côté ouest. |
 Rappel | À l'extérieur du laboratoire, dans le coin nord-est. |
 PP Plus ×3 | Dans l'aile ouest du rez-de-chaussée, derrière le PC. |
| Clé Magnétique | Dans l'aile ouest du 1er sous-sol, dans le coin nord-ouest après avoir battu le Scientifique Tabor. |
 Guérison | Dans l'impasse du 2e sous-sol, près des ascenseurs jumeaux et de la Guerrière Ombre Fia. |
| Clé du Sous-Sol | Dans la salle du Scientifique Drako, sur le bureau. |
 PV Plus | Dans le cabinet de Teck, sur le bas-côté ouest. |
 CT26 (Séisme) | Dans le cabinet de Teck, dans le coin nord-est après la défaite de l'Admin. |
| Disque-Rom | Sur le bureau de Teck après la défaite de l'Admin. |
Emplacements possibles des échantillons ADN :
- 1 dans le coin nord-ouest de la pièce à gauche de la porte déverrouillée par la CSS ;
- 1 dans la salle à l'escalier menant au local où se trouve la CSS ;
- 2 dans la première pièce à gauche après la porte déverrouillée par la CSS ;
- 2 dans la salle du Guerrier Ombre Lesar ;
- 1 à droite des ascenseurs jumeaux ;
- 2 dans la salle au nord des ascenseurs jumeaux.
| Objets à ramasser |
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 Poké Ball ×3 |
Dans l'aile ouest, dans le coin nord-ouest. |
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 Super Potion ×3 |
Dans la salle au nord des ascenseurs jumeaux. |
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| Super Potion |
Dans l'aile ouest, au fond à droite. |
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| Rappel |
Dans l'ancien cabinet de Teck, sur le bas-côté ouest. |
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 Huile |
Dans l'impasse derrière la Guerrière Ombre Anabelle |
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| Huile |
Dans la salle à la couveuse accessible à partir de l'ascenseur de droite. |
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 Super Ball |
Dans le coin nord-est de la salle des Scientifiques Youri et Morris |
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| Super Ball |
Dans la salle du R&D Ombre Jorrit. |
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| Total Soin |
Dans la salle de la Guerrière Ombre Loane. |
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 Pierreplante |
Dans la salle où est retenu Syrus. |
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| Badge |
Sur la table après avoir battu le R&D Ombre Jorrit. |
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| Disque-ROM |
Lâché par le R&D Ombre Igor après la défaite d'Angéline. |
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| Holodisk 42 |
Dans la salle où était retenu Syrus, après avoir battu Donozor. |
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Les Pokémon ayant leur niveau avec un signe + en gras sont des Pokémon Obscurs. Les matchs revanches sont détaillés à droite du Dresseur concerné.
Si le Pokémon Obscur d'un des Dresseurs suivants n'a pas été snatché, il remplace le Pokémon adjacent lors du combat revanche.
Le Guerrier Ombre, dont l'identité dépend du Pokémon de départ de Phénacit, apparaît dans le cabinet de Teck tant qu'il reste en possession de son Pokémon Obscur.
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Voltorbe 
Électrode 
Magnéti 
Magnéton 
Dynavolt ♂
Loupio ♀
Pharamp ♀
Qulbutoké ♀
Coquiperl ♀
Gravalanch ♂
Charmina ♀
Nosferalto ♂
Serpang ♂
Lanturn ♀
Altaria ♀
Raikou 
