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De nombreux éléments sont présents sur le potentiel amour entre les deux Dresseurs lors des différents chapitres.

Rubis a d'abord rencontré Saphir lorsqu'elle le sauve alors qu'il tombait d'une falaise. Elle est alors vêtue uniquement d'un pagne de feuilles et il pense que c'est un Pokémon. À un moment, il a peur d'elle et ordonne à Nana, sa [[Medhyèna]], d'attaquer. Elle devient immédiatement violente et envoie [[Poussifeu]]. Ils échangent des insultes jusqu'à ce que Saphir propose un pari. Chacun d'eux doit atteindre un objectif spécifique, Saphir gagner les huit Badges de [[Hoenn]] et Rubis gagner tous les rubans de concours, en 80 jours. Cependant, ils sont interrompus par un [[Séviper]]. Saphir fait de son mieux pour se battre, mais finit par se faire assommer pour protéger Rubis. Il voit que personne ne regarde et utilise [[Celebi|un Pokémon inconnu]] que l'on ne voit pas pour assommer immédiatement le Séviper. Tandis que Saphir est inconsciente, il la mesure et lui fabrique des vêtements appropriés pour pouvoir se débarrasser de la jupe et du haut de sa robe.

Ils se retrouvent au [[Village Myokara]] où Saphir obtient son [[Badge]] Poing et Rubis aide {{jv|Pierre Rochard}} à la [[Grotte Granite]] qui s'effondre sur eux. Saphir, après avoir appris cela et inquiète pour la sécurité de Rubis, tente immédiatement de le retrouver. Malheureusement, Pierre étant déjà parti, elle insulte Rubis. Presque immédiatement, les deux partent pour suivre Pierre sur le [[Wailord]] de Saphir, parce qu'elle doit lui remettre une lettre.

Lorsque les deux finissent par en avoir marre l'un de l'autre, ils décident de faire une pause sur une épave abandonnée. Saphir oblige Rubis à monter sur le bateau qui serait hanté pendant qu'elle reste sur le dos de son Pokémon. Ils ont alors leur première rencontre avec la [[Team Magma]]. Les deux se battent ensemble en utilisant [[Posipi]] et [[Négapi]] qui étaient sur le navire pour s'échapper.

Ils se séparent pour se retrouver à [[Cimetronelle]] juste avant la crise massive de [[Kyogre]] et [[Groudon]]. Saphir apprend que Rubis a un talent pour combattre alors qu'il utilise son Pokémon pour assommer un troupeau de [[Groret]] déchaîné afin de la sauver. Saphir est en extase et demande à Rubis de se joindre à elle et aux Champions d'Arène dans la lutte contre le mal. Rubis, cependant, refuse froidement en disant qu'il est à Hoenn seulement pour les concours et qu'il reviendra ensuite à Johto. Cela exaspère Saphir qui déchire ses vêtements offerts par Rubis, brise une branche d'un arbre voisin pour s'enrouler autour d'elle et commence à crier à Rubis qu'elle pensait qu'il était quelqu'un de bien, mais qu'elle s'était trompée. Elle s'enfuit alors. Rubis a plutôt honte de lui-même et entreprend de participer à d'autres concours mais il réalise finalement qu'il devrait se battre aussi.

Les deux protagonistes se revoit bien plus tard pour se rendre à la [[Grotte Origine]] pour combattre [[Max (Team Magma)|Max]] et [[Arthur (Team Aqua)|Arthur]], qui détiennent les [[Orbe Bleu|Orbes Bleu]] et [[Orbe Rouge|Rouge]] qui contrôlent Kyogre et Groudon. Rubis fait remarquer sa nouvelle tenue et dit à Saphir qu'il lui a également fait de nouveaux vêtements, malgré la crise actuelle.

Rubis et Saphir révèlent que dans le passé, ils avaient tous deux des personnalités très différentes : Rubis était un jeune garçon malicieux qui aimait se battre, tandis que Saphir était très docile et détestait se battre. Cinq ans auparavant, les jeunes Rubis et Saphir jouaient ensemble, et ils affirment désormais que c'était les meilleurs moments de leur vie, jusqu'à ce qu'un événement se produise. Soudain, un Drattak sauvage a attaqué les deux enfants. Bien que Rubis ait réussi à se débrouiller, il a reçu une blessure à la tête sanglante de la [[Dracogriffe]] de Drattak, qui a fait pleurer Saphir. Après cet événement, Rubis s'est rendu compte qu'en raison de son agressivité, il avait fait pleurer Saphir, tandis que Saphir avait compris que parce qu'elle était faible, elle avait causé du mal à Rubis. À cause de cela, Rubis a décidé de se concentrer sur la beauté et d'arrêter les combats, tandis que Saphir a décidé de devenir plus forte. Ils ont promis que lorsqu'ils rencontreront à nouveau cette personne spéciale, ils pourront leur montrer à quel point ils ont changé.

[[Juan]] pense à la façon dont il a entendu dire que Rubis était une personne égoïste, mais à la place, il s'est montré suffisamment attentionné pour attendre que Saphir se couche avant de parler avec Juan des Orbes qui se trouvaient dans leurs corps.

[[Fichier:Rubis sans chapeau.png|thumb|Rubis révèle à Saphir sa cicatrice.]]

Avant la bataille finale contre les deux [[Pokémon légendaire]]s, Saphir avoue ses sentiments à Rubis. Elle raconte alors à Rubis qu'elle a aimé un autre garçon pendant son enfance, qui n'est en réalité nul autre que Rubis lui-même. Il réalise immédiatement que Saphir est la fille avec laquelle il a joué pendant son enfance. Peu de temps après la confession de Saphir, Rubis l'enferme dans un avion. Saphir crie et ordonne à Rubis de la faire sortir. Rubis lui répond qu'il fait ça pour qu'elle soit en sécurité. Après cela, il la remercie d'avoir fait le pari de 80 jours avec lui, puis tire sur son bonnet et lui montre la cicatrice que le Drattak avait laissée. Il avoue alors ses sentiments à Saphir. C'est alors qu'elle se rend compte que c'était lui qui l'avait protégée cinq ans auparavant. Avant qu'elle puisse réagir, [[Courtney]] apparaît et Rubis la rejoint, laissant choqué son mentor, [[Marc (Hoenn)|Marc]].

Alors que Rubis évite les débris envoyés par l'énergie créée par Groudon et Kyogre, il constate qu'il est surpris qu'une jeune fille comme Saphir puisse réellement aimer quelqu'un comme lui, mais Saphir est bien la fille qu'il connaissait quand il était plus jeune. Courtney le réprimande pour ne pas se concentrer, ce qui pourrait se terminer par sa mort. Rubis s'excuse auprès de Courtney et admet qu'il n'aurait jamais pensé se battre avec elle.

De retour au présent, Courtney note que Rubis doit vraiment aimer Saphir s'il accepte son offre si rapidement.

Saphir est très frustrée lorsqu'une barrière la bloque alors qu'elle tente de rejoindre Rubis pour l'aider dans la bataille.

Saphir s'inquiète alors qu'elle tient Rubis, blessé, dans ses bras.

Après que Rubis et Saphir ont vaincu Max et Arthur, les deux protagoniste reprennent leur pari des 80 jours. Saphir retourne à sa grotte et montre son dernier Badge, le Badge Balancier pour découvrir que Rubis a également obtenu son dernier ruban de concours. Il a également re-décoré sa caverne comme une base secrète. L'arc se termine par le souhait de Saphir de parler de leurs aveux avant la bataille, mais Rubis détourne la conversation.

Rubis et Saphir apparaissent dans le mariage de la cousine de [[Timmy]] sur le bateau les emmenant à la [[Zone de Combat (Troisième génération)|Zone de Combat]], où [[Alizée]] demande comment Saphir entretient sa relation avec Rubis, par rapport à la sienne avec Marc, dans laquelle elle répond que Rubis semble avoir oublié tout ce qui a été dit pendant la catastrophe dans les derniers chapitres de l'histoire de l'{{PMS|Arc Rubis et Saphir}}.

Puis, après avoir rencontré {{PMS|Émeraude}}, Saphir est sur le point de complimenter Rubis quand il l'agace rapidement en s'interrogeant sur l'état de ses vêtements dans le Dôme de Combat.

Alors que Saphir confronte Rubis à propos de ses souvenirs, Émeraude leur crie d'arrêter de flirter et les jette littéralement du Dôme de Combat.

Après avoir atterri, ils explorent la Zone de Combat jusqu'à ce qu'ils atteignent le Palace de Combat, où [[Esteban]] s'approche, saisit le menton de Saphir et la regarde dans les yeux. Puis Rubis, de colère ou de jalousie, crie à Esteban de s'éloigner d'elle, Esteban le bouscule en réponse.

Après avoir appris le meurtre de Max, Rubis saisit les épaules de Saphir pour l'empêcher de s'effondrer et pour tenter de la calmer.

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*Ils ont des caractères opposés : Rubis fait très attention à la beauté et n'aime pas les combat tandis que Saphir est plus sauvage et ne fait pas attention à son apparence.