Modification de Submersible

=== Mission "Stopper le plan de Blue Eye!" ===

Le Joueur s'y rend en compagnie de Sully / Éthelle pour contrecarrer les plans de Blue Eye. En progressant dans le premier couloir, le Joueur doit se débarrasser d'une Grande Porte avec 2 Luxio. Il doit ensuite affronter 6 Nappers avec 3 Makuhita et 3 Griknot. Après être arrivé dans la salle suivante, Pichu Kulélé guide le Joueur vers une pièce dans laquelle se trouve une Cage Géante. Le Joueur doit la découper avec l'aide d'un Sablaireau et d'un Scorplane. Il s'avère qu'elle renferme tous les Pokémon de l'île Dolce capturés par les Nappers, en plus d'Étouraptor, le Pokémon partenaire de Sully / Éthelle. Dans la zone suivante, un Napper envoie des Téraclope dans la zone. Le Joueur doit les éviter, tout comme dans la Forêt Téranox, pour éviter de revenir au début de la salle. Dans la salle suivante, des Nappers lâchent 5 Makuhita et 3 Farfuret énervés, qui attaquent à vue. En continuant de progresser, le Joueur est confronté aux 2 Charkos des Nappers. La dernière salle est la salle des commandes, où se trouve Blue Eye. Alors que la leader des Nappers veut se venger de sa défaite dans le Vieux manoir, 2 Nappers souhaitent affronter le Joueur pour qu'elle évite de le faire. Ils passent à l'offensive avec un Kaiminus et un Crocrodil. Blue Eye passe à son tour à l'attaque avec son Aligatueur. Une fois vaincue, elle reçoit un message de la part d'un de ses supérieurs. Elle coule son propre rafiot en le faisant s'écraser sur un rocher. Le Joueur se réveille alors que le sous-marin est à la verticale. Alors qu'il ne trouve pas de moyen pour remonter, un des Pichu de l'île Dolce envoie une échelle. Après avoir quitté la pièce, le Joueur a 10 minutes pour atteindre l'écoutille du sous-marin et ainsi pouvoir sortir. Il doit également sauver les Pichu de l'île Dolce à différents endroits. À partir d'une des salles, il faut éviter les chutes de FlapFlapeuses qui font perdre 2 Points d'Énergie au Capstick. Dans les zones suivantes, des fuites de tuyauterie font perdre 3 Points d'Énergie au Capstick. Dans l'avant-dernière pièce, il faut cette fois éviter les caisses qui tombent. Le Joueur est ensuite bloqué par des Débris, qu'il doit détruire avec un Fouinar. Il sort par l'écoutille et voit deux Nappers essayant de retirer la caisse sous laquelle Blue Eye est bloquée. Avec l'aide de Sully / Éthelle et le Joueur en plus, la caisse est dégagée. Les Nappers s'en vont de leur côté, alors que Samy vient récupérer Sully / Éthelle et le Joueur avec Le Fédération.